选择制冷机组需要考虑以下几个方面：
冷藏车厢体尺寸：通常情况下，六米以上的冷藏车厢体一定要选用独立的制冷机组。而在六米以下的冷藏车厢体，可以选择非独立的制冷机组。在选购的时候，也需要多多考虑冷藏车厢的优劣势等问题。
运输物品和所需温度：要知道制冷机组的型号和分类不同，进而在温度控制方面也有所区别。现在市面上最常见的就是深冷机组和保鲜机组。深冷机组的价格会比较贵，而保鲜机组的售价也相对来说更为便宜。但是在性能上，保鲜机组没有深冷机组的除霜功能。
制冷机组的类型：一般从广义上的用途来讲，冷水机大致分为风冷冷水机、水冷冷水机（开放式、封闭式）这几种。风冷冷水机安装方便，无需外接水源，但散热效果相对较差；水冷冷水机散热效果好，但需要外接水源。
制冷量需求：选择电力驱动的冷水机组时，当单机空调制冷量 φ＞1163kW 时，宜选用离心式；φ＝582～1163kW 时，宜选用离心式或螺杆式；φ＜582kW 时，宜选用活塞式。
对环境的影响：一是噪声与振动，要满足周围环境的要求；二是制冷剂对大气臭氧层的危害程度和产生温室效应的大小，特别要注意 CFCs 的禁用时间表。在防止 CFCs 污染方向吸收式制冷机有着明显的优势。
考虑能耗：电力驱动的制冷机的制冷系数 COP 比吸收式制冷机的热力系数高，前者为后者的二倍以上。能耗由低到高的顺序为：离心式、螺杆式、活塞式、吸收式。但各类机组各有其特点，应用其所长。
有无专用机房位置：无专用机房位置或空调改造加装工程可考虑选用模块式冷水机组。
